दिन भर खेती और व्यवसायिक गतिविधियों में व्यस्त रहने के बावजूद वे हरि नाम के जाप में लगे रहते थे। लोग उन्हें भक्त अमर दास जी कहते थे। एक बार उन्होंने अपनी बहू से गुरु नानक देवजी द्वारा रचित एक 'शब्द' सुना। उनकी बात सुनकर वे इतने प्रभावित हुए कि बहू से गुरु अंगद देवजी का पता पूछकर वे तुरंत आ गए और उनके गुरु के चरणों में बैठ गए। ६१ वर्ष की आयु में, उन्होंने गुरु अंगद देवजी, जो अपने से २५ वर्ष छोटे थे और एक रिश्ते में रिश्तेदार थे, को गुरु अंगद देवजी बनाया और लगातार ११ वर्षों तक सच्चे मन से गुरु की सेवा की। सिखों के दूसरे गुरु अंगद देवजी ने उनकी सेवा और समर्पण से प्रसन्न होकर उन्हें हर तरह से योग्य जानकर 'गुरु गद्दी' सौंप दी।
इस प्रकार वे सिक्खों के तीसरे गुरु बने। मध्यकालीन भारतीय समाज एक 'सामंती समाज' होने के कारण अनेक सामाजिक बुराइयों से ग्रस्त था। उस समय समाज में जाति-व्यवस्था, उच्च-निम्न, कन्या-हत्या, सती-प्रथा जैसी कई बुराइयाँ प्रचलित थीं। ये बुराइयाँ समाज के स्वस्थ विकास में बाधक बनीं। ऐसे कठिन समय में, गुरु अमर दास जी ने इन सामाजिक बुराइयों के खिलाफ एक बहुत प्रभावी आंदोलन चलाया। उन्होंने समाज को विभिन्न प्रकार की सामाजिक बुराइयों से मुक्त करने का सही मार्ग भी दिखाया। गुरुजी ने जाति प्रथा और ऊंच नीच को समाप्त करने के लिए लंगर व्यवस्था को और मजबूत किया।
उन दिनों जाति के अनुसार भोजन करने के लिए गुरु अमर दास जी ने सभी के लिए एक ही पंगत में बैठना यानी लंगर खाना अनिवार्य कर दिया था। कहा जाता है कि मुगल बादशाह अकबर जब गुरु-दर्शन के लिए गोइंदवाल साहिब आए थे तो वह भी उसी 'पंगट' में 'संगत' और लंगर के साथ बैठे थे। इतना ही नहीं उन्होंने गोइंदवाल साहिब में अस्पृश्यता की कुप्रथा को समाप्त करने के लिए 'सांझी बावली' का निर्माण भी करवाया। कोई भी इंसान बिना किसी भेदभाव के इसके पानी का इस्तेमाल कर सकता था। गुरु अमर दास जी ने एक और क्रांतिकारी कार्य किया जो सती प्रथा को समाप्त करना था।
उन्होंने सती प्रथा जैसे घिनौने कर्मकांड को स्त्री के अस्तित्व के विरुद्ध मानकर इसका जबरदस्त प्रचार किया, ताकि महिलाओं को सती प्रथा से छुटकारा मिल सके। गुरु अमर दास जी सती प्रथा के खिलाफ आवाज उठाने वाले पहले समाज सुधारक थे। गुरुजी द्वारा रचित 'वर सुही' में भी सती प्रथा का कड़ा खंडन किया गया है। गुरु अमर दास जी 1 सितंबर 1574 को दिव्य प्रकाश में विलीन हो गए। उन्होंने 21 बार पैदल ही हरिद्वार की यात्रा की थी। समाज से भेदभाव को समाप्त करने के प्रयासों में सिखों के तीसरे गुरु अमर दास जी का बड़ा योगदान है।