गुरु अर्जन देव जी की शुद्ध प्रकृति, ईमानदारी, कर्तव्यनिष्ठा और धार्मिक और मानवीय मूल्यों के प्रति समर्पण को देखकर, गुरु रामदासजी ने 1581 में उन्हें पांचवें गुरु के रूप में सुशोभित किया। इस दौरान उन्होंने गुरु ग्रंथ साहिब का संपादन किया, जो मानव जाति के लिए सबसे बड़ा योगदान है। संपूर्ण मानवता में धार्मिक समरसता पैदा करने के लिए उन्होंने अपने पूर्ववर्ती गुरुओं की वाणी को धार्मिक ग्रंथों में वितरित कर एक स्थान से दूसरे स्थान पर एकत्रित और परिष्कृत किया। गुरुजी ने स्वयं श्री गुरु ग्रंथ साहिब में 30 रागों के पाठ में 2,218 शब्द भी दर्ज किए हैं। एक ज़माने में। उन दिनों बाला और कृष्ण पंडित सुंदर कहानियां सुनाकर लोगों को खुश करते थे और सबके मन को शांति प्रदान करते थे।
एक दिन वे गुरु अर्जन देव जी के दरबार में उपस्थित होकर प्रार्थना करने लगे- महाराज...! हमारे मन में शांति नहीं है। क्या आप मुझे कोई ऐसा उपाय बता सकते हैं जिससे हमें शांति मिले? तब गुरु अर्जन देवजी ने कहा - यदि आप मन की शांति चाहते हैं, तो जैसा आप लोगों से कहते हैं वैसा ही करें, अपने शब्दों का पालन करें। अपने साथ ईश्वर को जानकर, उसे याद करो। अगर आप केवल पैसे इकट्ठा करने के लालच में कहानी सुनाएंगे, तो आपके मन को कभी शांति नहीं मिलेगी। बल्कि इसके विपरीत आपके मन का लालच बढ़ेगा और आप पहले से ज्यादा दुखी हो जाएंगे। अपनी कहानी कहने के तरीके को बदलकर, निस्वार्थ भाव से कहानी को करें, तभी आपके मन में सच्ची शांति का अनुभव होगा।
एक अन्य घटना के अनुसार - गद्दी पर बैठने के एक दिन बाद गुरु अर्जनदेवजी ने सोचा कि सभी गुरुओं की बाणी संकलित कर एक पुस्तक बना ली जाए। जल्द ही उन्होंने इसे लागू करना शुरू कर दिया। उस समय नानकबनी की मूल प्रति गुरु अर्जन के मामा मोहनजी के पास थी। उन्होंने भाई गुरदास को वह प्रति प्राप्त करने के लिए मोहनजी के पास भेजा। मोहनजी ने कॉपी देने से मना कर दिया। इसके बाद भाई वृद्ध हो गए, वे भी खाली हाथ लौट गए। तब गुरु अर्जन स्वयं उनके घर पहुंचे। नौकर ने उन्हें घर में घुसने से रोक दिया। गुरुजी भी धुन पर अडिग थे। दरवाजे पर बैठकर वह अपने मामा को गाकर और गाकर प्रार्थना करने लगा। इस पर मोहनजी ने उन्हें बहुत डांटा और ध्यान करने चले गए। लेकिन गुरु पहले की तरह गाते रहे।
अंत में उनका धैर्य, नम्रता और हठ देखकर मोहनजी का हृदय प्रफुल्लित हो गया और वे बाहर निकले और बोले- बेटा, मैं तुम्हें असली नानकबनी दूंगा, क्योंकि लेने के लिए तुम सही व्यक्ति हो। इसके बाद गुरु अर्जन ने अन्य धर्मों के सभी गुरुओं और संतों के भजनों का संकलन किया और 'ग्रन्थसाहब' नाम की एक पुस्तक बनाकर हरमंदिर में स्थापित कर दी। ऐसे पवित्र वचनों से संसार को उपदेश देने वाले गुरुजी का अत्यंत प्रेरणादायी जीवन मात्र 43 वर्ष का था। वह सती जैसी सामाजिक बुराइयों के खिलाफ भी डटे रहे। वह एक आध्यात्मिक विचारक और उपदेशक होने के साथ-साथ एक समाज सुधारक भी थे। गुरु अर्जन देव जी ने 1606 में 'तेरा किया मीठा लगे/हरि नाम पदरथ नानक मगे' शब्दों का पाठ करके अमर शहादत प्राप्त की। गुरुजी ने अपने जीवनकाल में धर्म के नाम पर आडंबर और अंधविश्वास पर तीखा प्रहार किया। आध्यात्मिक जगत में गुरु जी का सर्वोच्च स्थान है।